Der Verein PROphyl wir durch den Vorstand geleitet. Dieser setzt sich aus Delegierten der Mitgliederverbände zusammen. Bei der Administration unterstützt wird der Vorstand durch die Sekretariatsstelle. Die Betreuung der Lager besorgen ehrenamtliche Coaches aus den Mitgliederverbänden. Neben der strategischen Leitung erledigt der Vorstand auch operative Arbeiten: er erstellt Arbeitsunterlagen, gestaltet Programmideen und führt die Aus- und Weiterbildungen durch. Ausserdem sind die meisten Vorstandsmitglieder selbst als Coaches an der Basis tätig.

PROphyl wird durch den Alkoholzehntel des Kantons Thurgau und durch die beiden Landeskirchen finanziert. Ausserdem unterstützen uns verschiedene Vereine, Firmen und Privatpersonen als Passivmitglieder.